166 წლის წინ, 1858 წლის 18 ნოემბერს, იმპერატორ ალექსანდრე II-ის ბრძანებულებით, დამტკიცდა დებულება „სანავსადგურო ქალაქ ფოთის დასახლებისა და მმართველობის შესახებ“. 1859 წელს დაიწყო სამუშაოები ნავსადგურის შიდა აუზის შესაქმნელად. ამ პერიოდში ფოთში იმყოფებოდა ფრანგი მწერალი ალექსანდრე დიუმა, რომელმაც ეს ამბავი ასახა თავის ნაშრომში „კავკასია“.
1894 წლის 18 სექტემბერს ფოთის ქალაქის თავად აირჩიეს ნიკო ნიკოლაძე. ნიკოლაძე ამ თანამდებობას 1912 წლამდე იკავებდა. ხელმძღვანელობდა ნავსადგურის, ელექტროსადგურის, მუზეუმის, საკათედრო ტაძრის, გიმნაზიებისა და ხიდების მშენებლობას. მისი პროექტით განხორციელდა ფოთის დაგეგმარება. აპირებდა პალიასტომისა და სუფსის არხით დაკავშირებას. 1905 წლის დასაწყისში დამთავრდა ნავსადგურის რეკონსტრუქცია და ამავე წლის 15 მარტს ოფიციალურად გაიხსნა ნავსადგურის ახალი შესასვლელი ჩრდილოეთის მხრიდან, რითაც ძირეულად გაუმჯობესდა მისი ექსპლუატაციის პირობები. ფოთის ნავსადგურის მშენებლობაზე საერთო დანახარჯი 1865 წლიდან 1907 წლამდე 16 000 000 მანეთს შეადგენდა. 1908 წელს განხორციელდა ფოთის ელექტრიფიკაცია – განათდა ნავსადგური და რკინიგზა. 1911-12 წლებში ფოთში აშენდა 500 ადგილიანი კინოთეატრი. 1912 წლისთვის გაიყვანეს წყალსადენი. 1885-1917 წლებში ფოთში იყო გურია-სამეგრელოს ეპარქიის კათედრა.
1918 წლის 28 მაისს ფოთში გაფორმდა ფოთის ხელშეკრულება. ეს იყო შეთანხმება საქართველოს დემოკრატიულ რესპუბლიკასა და გერმანიის იმპერიას შორის, რომლითაც საქართველოს რესპუბლიკამ, რომელსაც დამოუკიდებლობა ახალგამოცხადებული ჰქონდა, მიიღო გერმანიის მფარველობა.