ღირსი იოვანე ჭყონდიდელი დაიბადა მეათე საუკუნის პირველ ნახევარში. მის შესახებ ცნობები გვხვდება გიორგი ხუცეს-მონაზონის თხზულებაში: „ცხორებაჲ გიორგი მთაწმიდელისა“.
როგორც ჩანს, წმიდა იოვანე დაწინაურებულ ქართველ თავადიშვილთა გვარიდან იყო. იოვანე მისი დროის ერთ-ერთი უგანათლებულესი ღმრთისმეტყველი და უდიდესი პატრიოტი იყო.
1050 წელს, წმიდა იოვანე, ჯერ კიდევ ერისკაცობაში თავის ძმასთან, პეტრიკთან ერთად თან ახლდა საქართველოს მეფე ბაგრატ VI-ს (+1072) და დედოფალ მარიამს კონსტანტინოპოლში, ბიზანტიის იმპერატორ კონსტანტინე მონომაქოსის კარზე. აქ ისინი შეხვდნენ ათონიდან ჩამოსულ გიორგი მთაწმიდელს და დიდი შესაწირავი გაატანეს ათონზე, რისთვისაც იოვანეს და მის ძმას ივერონში აღაპი დაუწესეს.
იოვანე 1054 წელს, ჯერ კიდევ ერისკაცი, აქტიურად მონაწილეობდა საერო და სასულიერო ცხოვრებაში. 1059 წელს წმიდა იოვანემ მეფე ბაგრატ IV-ის დავალებით საქართველოში ჩამოიყვანა გიორგი მთაწმიდელი, რომლის ინიციატივითაც იოვანეს ჭყონდიდელ ეპისკოპოსად დაასხეს ხელი.
იოვანე ჭყონდიდელი 1061-65 წლიდან მთავარეპისკოპოსის ხარისხით განაგებს იმ დროისათვის უკვე საკმაოდ დაწინაურებელ ჭყონდიდის კათედრას. იგი აქტიურად ამოუდგა მხარში გიორგი მთაწმიდელს, საქართველოში იმ დროისათვის საკმაოდ დარღვეული საეკლესიო საქმეების გამართვა-მოწესრიგებაში.
1065 წელს წმიდა იოვანე, მის ძმასთან და ბედიელ მთავარეპისკოპოს იოვანესთან ერთად თან ახლდა საქართველოს მეფის ასულ მართას კონსტანტინოპოლში. ამის შემდეგ, 1066-67 წლებში, იოვანე ჭყონდიდელი კიდევ მიდის კონსტანტინეპოლშჲ ბიზანტიის იმპერატორთან, როგორც ბაგრატ მეფის წარმომადგენელი და საქართველოს ეკლესიის გამორჩეული მღვდელმთავარი. ამ ელჩობის დროს იოვანე ჭყონდიდელს გიორგი ხუცესმონაზონისთვის უთხოვია დაეწერა გიორგი მთაწმიდელის ცხოვრება. გიორგი ხუცესმონაზონი წმიდა იოვანეს მისი თხზულების ერთ-ერთ შემკვეთად ასახელებს: „ღმრთისმოყვარისაცცა მის მიერ მთავარეპისკოპოსისა იოვანეს ვიტყვი ჭყონდიდელსა, ძმასა ნეტარისა პეტრე პატრიკისასა… დიდად იძულებულ იქნა უღირსებაჲ ჩუენი… რათა ყოველი სახე აღსრულებისა და გასლვისა წმიდისა ამის მამის ჩუენისაჲ უნაკლოდ მიუთხრა“.
1085 წლიდან იოვანე ჭყონდიდელი, საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის უწმიდესი დიმიტრის (1080-1090) თანაშემწეა – იგი სვინგელოზის პატივითაა დაჯილდოებული.
გიორგი მთაწმიდელის მიერ შედგენილი სვინაქსარის გვიანდელ მინაწერის მიხედვით, დაახლოებით 1110 წლის 3 იანვარს „გარდაიცვალა სულკურთხეული მთავარეპისკოპოსი იოვანე ჭყონდიდელი“.
„ქართველ წმიდათა ცხოვრებანი“, თბილისი, 2007 წ.