„დღეს მე მხოლოდ ჩვენი ეკლესიის ცხოვრების ზოგიერთ ასპექტს შევეხები, გავიხსენებ, რა ურთიერთობა იყო ეკლესიასა და ინტელიგენციას შორის, რომელიც თითქმის ისეთივე ზეწოლას განიცდიდა და ისევე იდევნებოდა, როგორც სასულიერო პირნი. მიუხედავად ამისა, შეიძლება ითქვას, რომ ჩვენმა ინტელიგენციამ ქართველი კაცის სული გადაარჩინა.
ამიტომ ჩვენი მიზანი იყო მჭიდრო კავშირი ეკლესიასა და ინტელიგენციას შორის. სახელმწიფო ცდილობდა, არ მომხდარიყო ეს დაახლოება. ინტელიგენციას ჰქონდა სულიერებისაკენ სწრაფვა, მაგრამ გამოცდილება აკლდა. მახსოვს, საპატრიარქოში ჩვენი გამოჩენილი ისტორიკოსები მოვიწვიეთ საქართველოს ეკლესიის ისტორიის აკადემიური გამოცემის მოსამზადებლად, დავამუშავეთ გეგმა და გავანაწილეთ თემები, მაგრამ, როდესაც დამუშავებული ნაწილები წარმომიდგინეს, მივხვდი, რომ მათი გამოცემა არ შეიძლებოდა, რადგან ეს არაეკლესიური ადამიანების მიერ დაწერილი ისტორია იყო… მიუხედავად ამისა, სწრაფვა დაახლოვებისაკენ არ შეჩერებულა. საპატრიარქოში გრძელდებოდა შეხვედრები მეცნიერებთან. ხშირად საკითხები, რომელთაც ჩვენ ამ შეხვედრებზე განვიხილავდით, იმდენად საინტერესო იყო, რომ უნივერსიტეტის პროფესორ–მასწავლებლები მათ შესახებ სტუდენტებს ლექციებზე უყვებოდნენ… ჩვენმა მეცნიერებმა დიდი მისიონერული ღვაწლი გასწიეს და მე მადლობელი ვარ მათი მძიმე მდგომარეობაში გამოჩენილი თანადგომისათვის.“- ასე იხსენებდა ილია მეორე 1995 წელს პატრიარქობის პირველ რთულ, მაგრამ საინტერესო წლებს.
1977 წლის 25 დეკემბერს საქართველოს სამოციქულო ეკლესიის საპატრიარქოს, რომელიც ანდრია პირველწოდებულისა და სვიმონ კანანელისაგან იღებს დასაბამს, სათავეში ახალი პატრიარქი ჩაუდგა. მცხეთის საპატრიარქო ტაძარში ახალი კათოლიკოს-პატრიარქის, ილია მეორეს აღსაყდრება შესრულდა.
“როგორც ამბობენ, ეკლესიას იმ დროს მრევლი არც ჰყავდა. თვით პატრიარქის წირვა-ლოცვას ათიოდე კაცი ესწრებოდა. და, აი, მოხდა საოცრება: სვეტიცხოვლის დიდებული ტაძარიც და მისი ეზოც ინტელიგენციის საუკეთესო წარმომადგენლებითა და ახალგაზრდებით გაივსო. ეკლესიისადმი ასეთი თანაგრძნობა კომუნისტური რეჟიმის დროს პირველი იყო. როგორც ჩანს, ხალხმა იგრძნო, რომ საქართველოს ცხოვრებაში რაღაც ახალი, ძალზე მნიშვნელოვანი იწყებოდა”.
1990 წელს ილია II-ს მსოფლიო საპატრიარქომ მტკიცების სიგელი მიანიჭა, რითაც მთელმა მართლმადიდებელმა სამყარომ სცნო საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია.
კათოლიკოს-პატრიარქის მოღვაწეობის მანძილზე საქართველოს ეკლესიის ეპარქიათა რიცხვი 15-დან 47-მდე გაიზარდა, სასულიერო პირთა რიცხვი — 2000-მდე, გაძლიერდა სამონასტრო ცხოვრება, მოხდა ახალი წმინდანების კანონიზირება, აშენდა საქართველოში ყველაზე დიდი ეკლესია — წმინდა სამების სახელობის საკათედრო ტაძარი.
1978-1983 წლებში კათოლიკოს-პატრიარქი ილია II იყო ეკლესიათა მსოფლიო საბჭოს პრეზიდენტი. იგი დაჯილდოებულია მსოფლიოს საპატრიარქოს, ანტიოქიის, იერუსალიმის, ალექსანდრიის, რუსეთის, საქართველოს, საბერძნეთის, ბულგარეთის, რუმინეთის, პოლონეთის, ჩეხეთისა და სლოვაკეთის და თითქმის ყველა სხვა მართლმადიდებელი ეკლესიის უმაღლესი ჯილდოთი. ნიუ-იორკის სასულიერო აკადემიამ კათოლიკოს-პატრიარქ ილია II ღვთისმეტყველების დოქტორის საპატიო წოდება მიანიჭა. 1997 წელს მისი უწმიდესობა კრეტის სასულიერო აკადემიამ თავის საპატიო წევრად აირჩია. ამავე წელს იგი არჩეულ იქნა გაეროსთან არსებულ ინფორმატიზაციის საერთაშორისო აკადემიის წევრად. 1998 წელს კი ამერიკის მართლმადიდებელი ეკლესიის წმინდა ტიხონის საღვთისმეტყველო სემინარიამ ღვთისმეტყველების დოქტორის საპატიო წოდება მიანიჭა. 2002 წელს თბილისის ივანე ჯავახიშვილის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტმა, თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტმა და თბილისის სულხან-საბა ორბელიანის სახელობის სახელმწიფო პედაგოგიურმა უნივერისტეტმა საპატიო დოქტორისა და პროფესორის წოდება მიანიჭეს.
ილია II-ს გადაწყვეტილებით, საქართველოში დემოგრაფიული მდგომარეობის გაუმჯობესების მიზნით, საყოველთაო ნათლობა დაიგეგმა. ეს იდეა ილია II-მ ჯერ კიდევ 2007 წელს გააჟღერა, რაც ყოველი მესამე და შემდგომი შვილის პატრიარქის მიერ მონათვლას ითვალისწინებდა, ხოლო პირველი ნათლობა 2008 წლის 19 იანვარს, ნათლისღების დღესასწაულზე შედგა. ამ დროისთვის უწმიდესის ნათლულთა რიცხვი 37800-ს აღწევს. საქართველოს ეკლესიის წმინდა სინოდის 2007 წლის 21 დეკემბრის სხდომაზე გადაწყდა, რომ კონკრეტულად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ნათლულებთან დაკავშირებით იქნას გამოყენებული საეკლესიო იკონომია და მომავალში, თუ შეიქმნება ამის პრეცედენტი, დაიშვას მათ შორის ქორწინება.
ილია II-ის შესახებ აუცილებელია, აღინიშნოს მისი შემოქმედება მუსიკაში, საეკლესიო გალობასა და ხატწერაში. დღეისათვის იგი მრავალი მუსიკალური ნაწარმოებისა და გალობის ავტორია. 2015 წლის 2 აპრილს, აუტიზმის საერთაშორისო დღეს, თბილისის დიდ საკონცერტო დარბაზში ჩატარდა საქველმოქმედო გალაკონცერტი, რომელზეც მთლიანად კათოლიკოს-პატრიარქის ნაწარმოებები შესრულდა.
ილია II 20-მდე ხატის ავტორია. მათ შორისაა: „ყოვლად წმინდა სამება“, „ჩვენთან არს ღმერთი“, „ძველთა დღეთა“, „ივერიის ღმრთისმშობელი“, „პლატიტერა“, „მთავარანგელოზი მიქაელი“, „მთავარანგელოზი გაბრიელი“, „წმინდა დავით წინასწარმეტყველი“, „ღვთივდაცული საქართველო“, „წმინდა მეფენი სოლომონი“, „ვახტანგი და თამარი“.
მისი უწმინდესობის ქმნილებათაგან ერთ-ერთი გამორჩეული ყოვლადწმინდა სამების ხატია. იგი იკონოგრაფიულადაც და მხატვრულადაც კლასიკური მიმართულებისაა. კომპოზიციის აღნაგობაში, ფიგურების წყობასა და პროპორციებში, გამომეტყველებაში, სახეებისა და სამოსის შეფერილობასა და დამუშავებაში, ისევე როგორც უკანა პლანის დეტალებში შუა საუკუნეების მართლმადიდებლური ხატწერის საუკეთესო ტრადიციების ცოდნა ჩანს.
2016 წლის ოქტომბერში საქართველოს რომის პაპი ფრანცისკე ეწვია, რომელმაც საქართველოში მიღებული შთაბეჭდილებები ვატიკანში გამგზავრების შემდეგ, მედიის წარმომადგენლებს გაუზიარა და საქართველოს-კათოლიკოს პატრიარქი განსაკუთრებული პატივისცემით, „ღვთისკაცად“ მოიხსენია:
„მე საქართველოში ორი სიურპრიზი დამხვდა, ერთი თავად საქართველო, მე ვერასოდეს წარმოვიდგენდი ქრისტიანული რწმენით სავსე ასეთ ადგილს, ჩემი მეორე აღმოჩენა საქართველოს პატრიარქი იყო, ადამიანი უდიდესი და ძალიან ღრმა რწმენით, ის არის ღვთისკაცი, მე შემძრა პატრიარქის გაცნობამ და ეს გრძნობა მქონდა მასთან ყოველი შეხვედრისას. დავტოვე გრძნობით, რომ მე ვიპოვე ნამდვილი ღვთისკაცი.“